Nhiệm vụ của bộ môn là đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao chuyên ngành bệnh học thủy sản và quản lý thủy sản, nghiên cứu tạo ra các sản phẩm khoa học - công nghệ nhằm thúc đẩy phát triển ngành thủy sản cho khu vực miền Trung, Tây Nguyên và cả nước theo hướng hội nhập và phát triển.