Căn cứ Nghị quyết, chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước, và của Đại học Huế về phát triển giáo dục đào tạo, phát triển khoa học công nghệ, Khoa Thuỷ sản  xây dựng phương hướng, mục tiêu và nhiệm vụ KH&CN chủ yếu giai đoạn 2016-2020 như sau:
1. Phương hướng:
- Phát huy tiềm năng sẵn có để nâng cao chất lượng các công trình nghiên cứu khoa học, tạo ra nhiều sản phẩm khoa học công nghệ có tính ứng dụng cao, có khả năng chuyển giao công nghệ phục vụ phát triển kinh tế xã hội,  có khả năng thương mại cao.
- Đẩy mạnh hợp tác nghiên cứu trong và ngoài nước để nâng cao năng lực nghiên cứu cho cán bộ giảng viên và nâng cao chất lượng giáo dục đào tạo đại học và sau đại học.
2. Mục tiêu KHCN
- Nâng cao chất lượng giáo dục các bậc đào tạo: đại học, sau đại học nhằm đào tạo nguồn nhân lực có kiến thức chuyên môn cao phục vụ cho phát triển kinh tế xã hội của đất nước.
- Tạo ra các sản phẩm công nghệ thuỷ sản phục vụ cho nhu cầu nuôi của người dân và phát triển kinh tế của đất nước.
- Phát huy sức mạnh tập thể để tập trung nghiên cứu các lĩnh vực trong điểm của các tỉnh Bắc Trung Bộ, của quốc gia về phát triển thuỷ sản theo chủ trương của Bộ Nông Nghiệp và phát triển nông thôn ban hành và theo định hướng phát triển của trường Đại học Nông Lâm và của Đại học Huế.

Ảnh 1. Khoa Thủy sản tăng cường hơp tác với các công ty trong lĩnh vực thủy sản

Ảnh 2. Hệ thống sinh sản nhân tạo của khoa Thủy sản
3. Nhiệm vụ Khoa học Công nghệ
- Xây dựng và triển khai các chương trình nghiên cứu, đề tài dự án của địa phương, quốc gia nhằm tạo ra các sản phẩm khoa học công nghệ có giá trị, hỗ trợ tích cực trong việc nâng cao chất lượng giảng dạy và nâng cao vị thế nghiên cứu của Khoa, cụ thể:
Nguồn lợi: Điều tra tiềm năng một số loài thủy hải sản ở các vùng đầm phá, cửa sông ven biển nhằm định hướng khai thác, lưu giữ nguồn lợi con giống, tạo cơ sở phát triển hợp lý một số loài thủy hải sản có giá trị kinh tế cao thích ứng biến đổi khí hậu.
Nghiên cứu giống và nuôi thương phẩm:
-- Nghiên cứu và xây dựng qui trình SX một số giống, loài thủy sản mới có giá trị kinh tế cao nước ngọt – lợ - mặn (cá dìa, cá kình, cá chim vây vàng, cá ong (các loại), cá chẽm, vược, cá lăng, cá chạch đồng, các loài giáp xác (tôm, cua, ghẹ,…) tại Bình Trị Thiên và khu vực miền Trung Việt Nam
-- Nghiên cứu đưa một số loài rong biển bản địa nuôi xen ghép trong các mô hình nuôi thủy sản vừa tạo giá trị kinh tế, vừa có ý nghĩa cải tạo môi trường nước.
-- Phát triển, nhân rộng mô hình nuôi xen ghép các đối tượng thủy hải sản hạn chế dịch bệnh, ô nhiễm môi trường, đem lại hiệu quả kinh tế bền vững cho nông ngư dân.
- Nghiên cứu sản xuất vi tảo, các loại thức ăn sống phục vụ cho sản xuất giống cá biển.
- Hoàn thiện quy trình nuôi thức ăn tươi sống cho ấu trùng cá biển.
- Ứng dụng công nghệ sinh học trong nghiên cứu sản xuất vắc xin trong phòng và trị bệnh do vi khuẩn gây ra trên động vật thuỷ sản.
Nghiên cứu các loại chế phẩm sinh học trong quản lý môi trường nuôi và dịch bệnh thuỷ sản.
- Nghiên cứu quy hoạch và quản lý nguồn lợi thuỷ sản theo hướng phát triển bền vững,
- Liên kết với các cơ sở đào tạo, viện nghiên cứu, quy hoạch trong và ngoài nước, thực hiện các nhiệm vụ đánh giá đa dạng sinh học nhằm cập nhật cơ sở dữ liệu cho các khu bảo tồn biền, đầm phá, khu bảo vệ thủy sản.
- Nâng cao năng lực ứng dụng công nghệ-kĩ thuật trong quản lý nguồn lợi thủy sản: công nghệ thông tin địa lý, công vệ viễn thám, mô hình hóa trong dự báo và đánh giá chất lượng nước thủy vực nội địa, ven bờ.
- Tiếp cận với các hướng nghiên cứu thuộc lĩnh vực kinh tế tài nguyên: chi trả cho các dịch vụ môi trường, đánh giá dịch vụ sinh thái, quản lý tổng hợp đới ven bờ...
- Đánh giá ảnh hưởng, tiến tới giảm thiểu tác động của biến đổi khí hậu đến các hệ sinh thái biển và ven bờ (các bon xanh (blue carbon), kinh tế xanh (green economy), quỹ các bon....)
- Kết hợp với các công ty trong và ngoài nước triển khai hoạt động nghiên cứu và đào tạo cho sinh viên các ngành đào tạo: Nuôi trồng thuỷ sản, Bệnh thuỷ sản, Quản lý nguồn lợi thuỷ sản.
- Nâng cao chất lượng nghiên cứu nhằm đáp ứng các yêu cầu xuất bản của các tạp chí trong và ngoài nước. Đẩy mạnh việc công bố các kết quả nghiên cứu của các giáo viên trong khoa ở các tạp chí chuyên ngành trong nước và quốc tế.