Khoa Thủy sản có quan hệ hợp tác với nhiều trường Đại học, các cơ sở nghiên cứu trong nước và trên thế giới. Hiện Khoa đang thực hiện các dự án, đề tài hợp tác với trường Đại học Nippon (Nhật Bản); Đại học Queensland, Đại học Adelaide, Viện Nghiên cứu Nam Úc (Úc); Đại học Utrech và Đại học Wageningen, Hà Lan; Đại học Bách khoa Marche, Ancona, Ý...

Đại học Tổng hợp Portland và Viện NC Công nghệ và Môi trường biển Smithsonian, Mỹ; Viện NC biển, ĐH Auckland, NewZealand; Viện Nghiên cứu Thủy Sản I, III; Viện Hải Dương Học Nha Trang; các Sở Thủy sản, sở Khoa học và Công nghệ, sở Tài nguyên và Môi trường thuộc các tỉnh miền Trung; Dự án IMOLA/FAO...

Từ năm 2008, khoa được tổ chức Rosa- Luxemburg (CHLB Đức) tài trợ xây dựng các hoạt động Phát triển Thủy sản và Cộng đồng ở các tỉnh miền Trung. Đồng thời với các hoạt động này, tổ chức RLS sẽ giúp khoa nâng cao năng lực về đào tạo nghiên cứu về các lĩnh vực kinh tế và thương mại thủy sản, phát triển cộng đồng ngư dân.. . Ngoài ra, trong những năm 2007-2009, khoa tiêp tục mở rộng quan hệ với các trường đại học ở Mỹ như Trường đại học Alaska Anchorage, đại học Nam California, đại học Massachusetts. Thông qua quan hệ hợp tác, cơ sở vật chất phục vụ học tập và giảng dạy của Khoa được tăng cường, đặc biệt, đội ngũ CBCC của Khoa không ngừng được đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn và nâng cao năng lực.